Schalkstetten kann auf eine lange und vielschichtige Geschichte zurückblicken. Erste Spuren der Besiedlung reichen bis in die römische und keltische Zeit zurück, wobei archäologische Funde auf eine frühe Anwesenheit von Menschen hinweisen. Die geologische Lage mit wasserführenden Bodenschichten begünstigte die Besiedlung, sodass Brunnenbau möglich war und der Ort trotz seiner Höhenlage auf der Schwäbischen Alb eine attraktive Siedlung wurde.
Im Mittelalter gehörte Schalkstetten zur Herrschaft der Helfensteiner, die durch zahlreiche Schenkungen an Klöster ihre Macht sicherten. 1396 fiel die Gemeinde an die freie Reichsstadt Ulm, die fortan als Grundherr fungierte. Unter Ulmer Herrschaft gab es wirtschaftliche und gesellschaftliche Veränderungen, aber auch Zeiten großer Not. Die Reformation 1531 war ein einschneidendes Ereignis, das die Gemeinde religiös und kulturell prägte.
Kriegerische Auseinandersetzungen erschütterten das Dorf mehrfach. Der Dreißigjährige Krieg (1618-1648) führte zu Plünderungen, Hungersnot und einem dramatischen Rückgang der Einwohner. Nach der Schlacht bei Nördlingen 1634 sank die Bevölkerung auf nur noch 23 Menschen. Auch die folgenden Kriege, darunter der Franzosenkrieg (1674-1697) und der Spanische Erbfolgekrieg (1701-1713), brachten neues Leid über die Region.
Mit dem Westfälischen Frieden von 1648 begann eine Phase der Stabilisierung, doch wirtschaftliche Schwierigkeiten führten zu Auswanderungen. Trotz Herausforderungen blieb die Landwirtschaft das wirtschaftliche Rückgrat der Gemeinde. Landverkäufe 1764 und 1778 ermöglichten einzelnen Bürgern den Erwerb von Eigentum. 1803 fiel Schalkstetten mit Ulm an Bayern, bevor es 1810 Teil von Württemberg wurde.
Das 19. und 20. Jahrhundert brachten bedeutende infrastrukturelle Entwicklungen: Der Bau Gemeindebackofens eines (1842), die Errichtung einer Wasserversorgung (1882) und der Anschluss an die Eisenbahnstrecke Amstetten-Gerstetten (1906) verbesserten das Leben erheblich. Ab 1910/11 hatte man Strom, ein weiterer Meilenstein.